晋城行政档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 北京络捷斯科技：该公司是一家专门提供行政档案扫描数字化系统软件的公司，其产品包括档案数字化处理工具、档案管理软件系统等。
2. 北京中电飞华通信：该公司是一家专业提供档案管理软件的公司，其产品包括档案管理软件系统、数字化扫描工具等。

以上公司均可以提供行政档案扫描数字化系统软件的服务，具体选择哪一家公司，还需要根据具体需求和预算进行考虑。