晋中市档案数字化加工系统软件的公司有：

1. 山西鑫飞瑞信息科技：该公司是一家专业从事数字化加工管理系统的公司，能够提供档案数字化加工服务。
2. 晋中市泽瑞昌盛科技：该公司提供档案管理软件定制、数字化加工系统、库房管理软件定制等服务。
3. 山西云腾科技：该公司是一家以数字化加工管理系统、档案管理软件为主的专业化信息技术公司，拥有专业的技术团队。

以上公司排名不分先后，仅供参考。请注意，在选择公司时，应考虑公司的技术实力、服务水平、口碑等因素，以确保项目的顺利进行。