昆明市档案数字化管理系统公司有：

1. 云南速宏科技：提供数字化档案管理系统，实现档案信息化、数据资产化，利用数字化档案管理提升档案利用效能。
2. 云南九州数码科技：专业从事档案管理信息化系统开发和应用，具有档案数字化管理、档案管理数字化标准、数字档案管理一体化解决方案等经验和优势。

此外，昆明地区还有其他一些档案数字化管理系统公司，具体选择可根据公司的专业能力、服务水平、客户口碑等因素进行考察和比较。