新疆地区经营档案软件的公司包括以下几家：

1. 乌鲁木齐市鑫睿电脑，专门销售各类档案管理软件和办公用品。
2. 乌鲁木齐市鑫宏图档案管理，专业从事档案管理软件销售和服务。
3. 新疆联瑞网络科技，提供档案数字化管理软件和解决方案。
4. 乌鲁木齐市天山区新晨档案用品店，销售各类档案用品和档案管理软件。
5. 新疆华讯科技，是一家从事信息系统集成、数据采集与档案管理等数字化服务公司。

以上公司均在乌鲁木齐市注册经营，你可以根据自己的需求选择适合你的公司。