新疆档案数字化管理系统公司有：

1. 新疆金石数字科技，具有丰富的数字化档案管理经验，提供档案数字化管理全套解决方案。
2. 新疆图创网络科技，拥有一支技术团队，专注于档案数字化管理系统的研发和推广。

请注意，以上信息是根据当前可获取的信息整理，可能并不全面，详细信息可以进一步咨询新疆当地公司或机构。同时，在进行数字化档案管理系统选择时，也要考虑其他重要因素，如公司的信誉、价格、售后服务等。