拉萨市档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 西藏三迪科技：主营数字化技术服务、档案整理、数字化加工、软件开发、网站建设、数据恢复等业务。
2. 西藏云飞科技：提供档案数字化处理、数据处理及录入、档案整理、档案咨询服务。

此外，还有西藏新云信息科技、西藏启智信息科技等公司也提供档案扫描数字化系统软件服务。建议您根据自身需求选择合适的公司。