德州海关档案扫描数字化系统软件公司有山东金立翔软件股份、甘肃达龙数码科技、德州正信有限责任会计师事务所、山东明信会计等。这些公司都是通过综合对比，在档案扫描数字化系统方面表现比较出色的企业。具体选择哪个公司，可能还需要进一步考察和了解。