巴中档案数字化加工系统软件公司有：

1. 四川数智源信息技术：该公司是四川省档案数字化加工领域的先行者，拥有一支专业的技术团队，为各类档案馆、图书馆等客户提供数字化加工服务。
2. 巴中市金算盘软件：该公司是一家集商用密码产品研发、销售、服务为一体的专业信息化服务公司，专业提供档案数字化管理软件。

建议根据实际需求选择合适的公司进行咨询。