巴中市档案数字化系统软件的公司有：

1. 巴中市惠林科技公司：这家公司是一家专业从事数字化技术开发与应用的高科技软件企业，拥有一批年轻化、专业化的技术团队。
2. 巴中市金算盘信息科技：这是一家专门从事电子政务、企业信息化、数字化建设的高科技企业，拥有专业的技术团队和丰富的行业经验。

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