巢湖行政档案数字化系统软件公司有：

1. 安徽筑通信息科技。
2. 合肥信联信息。
3. 合肥高新档案服务。
4. 安徽和信信息科技集团。
5. 安徽高晶信息科技公司。
6. 合肥图联信息科技。
7. 合肥九头鸟信息科技。
8. 合肥建元科技。
9. 安徽诚航信息科技。

这些公司都提供行政档案数字化系统软件服务，具体选择哪一家公司，需要根据具体需求和沟通了解的结果来决定。