巢湖市科技档案数字化系统软件开发公司有：

1. 安徽数联软件，该公司专业从事数字档案馆建设、档案数字化管理、电子文件管理、数据治理等业务。
2. 合肥明智档案科学技术开发，该公司专业从事档案管理软件研发、数字化服务、信息咨询等业务。

以上内容仅供参考，可以通过多方面了解，选择适合自己的开发公司。