宝鸡工程档案扫描数字化系统软件公司有：

1. 陕西三铭信息科技：该公司是一家以软件开发、数据采集、数字化加工、数据安全管理等为主营业务的企业，致力于为各档案馆、图书馆以及企事业单位提供专业的数字化解决方案。
2. 宝鸡市智诚时代科技：该公司是一家集软件开发、系统集成、数据服务等多位一体的数字化企业。
3. 陕西德瀚信息技术：该公司提供专业的数字化加工服务，包括各种纸质档案、资料、图纸等，可以快速完成扫描、切边、装订、抽线、纠偏、去污等工序。

建议根据实际需要，选择正规且业务相关的公司进行咨询。