安徽省纸质档案数字化加工系统软件公司有：

1. 安徽九牛信息科技，提供纸质档案数字化加工系统软件。
2. 安徽金恒信息科技，提供档案管理数字化加工软件。
3. 安徽金石档案管理服务，提供数字化加工管理系统软件。

此外，还有安徽元贞信息科技、安徽金算子信息咨询、安徽鼎力信息科技等公司也提供纸质档案数字化加工系统软件。以上排名不分先后，具体信息请咨询公司官方。