进行安康扶贫档案扫描数字化系统软件的公司有：

1. 西安数智网联信息：这是一家专注于数字化技术服务领域的企业，拥有先进的人工智能数字化技术。
2. 陕西金农信息技术：该公司专业从事农信互联、智能终端、智慧档案系统等，能够进行农村电子政务平台的建设以及数字化档案管理等业务。

这些公司均能够为安康扶贫档案的扫描数字化提供相应的服务。