进行安康工程档案扫描数字化系统软件的公司有：

1. 北京数码大方科技：该公司推出了精图档案管理软件，能够实现档案数字化加工处理的全程无纸化处理，保证了文件的真实性、完整性。
2. 科大讯飞股份：该公司开发了一款档案管理软件，支持对档案资料进行批量扫描，并具备自动纠错、自动分类、批量命名、批量导出等功能。

此外，还有中建信息、汉王科技集团等公司也提供了档案扫描数字化服务。这些公司都具备相关的技术实力和设备，能够将纸质档案进行扫描处理，转化为电子文件，并保存为数字化系统软件所需的格式。