进行安康工商档案数字化系统软件的公司有：

1. 中科旭日：该公司开发的旭日档案管理软件系列可实现工商档案的无纸化存储、检索、借阅以及电子档案借阅后自动催还等功能。
2. 联图网络科技公司：该公司是一家专业从事工商档案数字化加工的公司，拥有一支专业的团队，为各企事业单位提供数字化加工、数据处理和系统集成等服务。

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