亳州海关的档案扫描数字化系统软件通常采用专业的文档扫描与数字化软件，主要功能包括：
1. 扫描与识别：能够高效地扫描纸质档案，并且通过文字识别技术将纸质文件转化为可编辑的数字文件，以便后续处理和检索。
2. 文件管理：实现对数字化档案的整理、分类、检索和归档，使得海关工作人员可以轻松地获取或存储所需文件。
3. 安全审计：提供可追溯的操作日志记录和权限控制功能，确保档案的安全性和合规性。
4. 数据共享与协作：支持多用户同时访问、共享与协作，促进部门间信息的互通和共享。

在选择档案扫描数字化系统软件时，需要考虑软件的稳定性、数据安全性、用户友好性以及与现有系统的集成性，同时也要关注供应商的服务水平和售后支持能力。